Trama:

In un futuro remoto la Federazione Terrestre e le Colonie orbitanti si fronteggiano in una guerra totale per l'indipendenza delle Colonie. In un ultimo disperato tentativo l'esercito delle colonie decide di far schiantare molte colonie spaziali orbitanti sulla Terra, come fossero delle bombe. L'ultima speranza per la Terra prima di essere del tutto rasa al suolo sono i modelli Gundam X, il cui armamamento laser è alimentato da una potentissima apparecchiatura posizionata sulla Luna, che tentano invano di impedire il bombardamento.

Anno 0015 After War. La razza umana è stata praticamente decimata dall'impatto delle colonie. Immediatamente dopo la guerra, fra i superstiti rimasti senza governo scoppia l'anarchia. Il vuoto lasciato dalle autorità viene riempito da individui chiamati "sovrani", che segretamente stanno ricostituendo i propri arsenali per ricominciare a combattere per la supremazia dell'uno sull'altro. Punto di forza di questi "sovrani" sono dei soggetti dotati di poteri sovrannaturali, chiamati "newtype".

In questa situazione, un terzo schieramento tenta di radunare intorno a sé tutti i "newtype", sotto la guida di Jamil Neate, ex pilota di Gundam X e uno dei primi newtype. Con l'aiuto del suo protetto, il giovane Garrod Ran, cui è affidato un Gundam X scampato alla distruzione, e della newtype Tiffa Adil, Jamil è pronto a sfidare le due redivive superpotenze in nome dei suoi ideali.